Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Byggcheferna har något att lära andra chefer (fastän de inte tror det själva)

0
Cheferna på en byggarbetsplats har ett unikt ledarskap – men kanske inte på det sätt man först tänker. En ny bok sätter fokus på de ledare som själva aldrig skulle framhäva sig som experter på ledarskap.
Distansarbete

Förslag: Skriv in möjligheten att jobba på distans i avtalen

1
Slå fast i avtalen att det ska vara ökade möjligheter att jobba på distans även efter pandemin. Det är ett av förslagen till årets Ingenjörsfullmäktige. Andra förslag handlar om allt från medlemsavgiften till ett Ingenjörernas Hus i Göteborg.

Ericsson vill överge fasta arbetsplatser

16
Ericsson planerar att bygga om kontor till mötesplatser där de egna arbetsplatserna försvinner. Sveriges Ingenjörer är oroliga för att utvecklingsteamen kan behöva gå skiftgång.
Programmeringsböcker

Nu har Python passerat Java och C – här är de 50 populäraste språken

0
Python är det mest populära programmeringsspråket enligt Tiobe-indexet. Men säger den typen av index något? "De är en bra start", svarar KTH-professorn Benoit Baudry.

Här är hunden välkommen på kontoret

2
När mobiloperatören Tre nu öppnat för återgång till kontoret är också hundar välkomna. Det gör det möjligt för valpen Lukas att följa med sin husse på jobbet.

Managementkonsulten sadlar om till skådespelare

0
Trivs du med jobbet men drömmer ändå om att göra något helt annat? Det gjorde civilingenjören Annie Dahlin. Nu utbildar hon sig till skådespelare.

Här är kommunerna som kommit längst med klimatanpassning

0
Det är fortfarande få kommuner som kommit igång med ett systematiskt arbete med klimatanpassningar. Bäst är Lomma, tätt följt av Norrköping.
Karin Adelsköld

Har ni kul här, eller?

1
Vad är väl en dag på jobbet? Den kan vara tråkig och trist och... ganska kul. Här ger humorproffset Karin Adelsköld sina tips för en roligare jobbvardag.

Ny studie tar sig an störande ljud på kontoret

5
Det kan vara svårt att koncentrera sig i öppna kontorslandskap. Nu ska forskare undersöka om man kan skapa en bättre arbetsmiljö med hjälp av ljud.

Se upp för riskerna med distansarbete

0
– Distansarbete kan bli en kil mellan kollegorna och utvecklas till en missnöjeskultur, säger forskaren Linda Widar.

VI REKOMMENDERAR

Se till att du får rätt lön på första jobbet

1
Ska du förhandla din första lön? Ta reda på så mycket du kan om arbetet och se till att du kommer in rätt i lönestrukturen.

TOPPLISTA