Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Så svarar du chefen som nobbar ditt lönekrav

0
För att lyckas med lönesamtalet är det viktigt att fundera på vad chefen kommer att svara på ditt lönekrav. Läs om ombudsmannens tips för hur du bemöter chefens argument.

“Varför existerar dåligt ledarskap fortfarande?”

0
Varför finns det så många dåliga chefer, trots all kunskap vi har om ledarskap? Det är en fråga som vi borde diskutera mer, menar professor Anders Örtenblad.
Pengar, KTH, Ericsson

Lön, antagningspoäng och att jobbet inte känns kul – det här läste flest 2021

0
Vad säger jag när chefen nobbar mitt lönekrav? Är det ett problem att Ericsson vill överge fasta arbetsplatser? Varför krävdes det en ingenjör för att avslöja bluffen i Allra?

Nu ska arbetsgivarna avgöra vad som är friskvård

0
Nu ska arbetsgivarna själva bestämma hur friskvårdsbidraget ska användas. Men det blir inte fritt fram för vad som helst. Reglerna har inte förändrats. 

Cykelförmån och avdrag för jobb på annan ort – här är nya lagarna 2022

0
Den 1 januari 2022 trädde en rad lagändringar i kraft. Här är åtta som påverkar arbetslivet.
Frost

Goda helger önskar Ingenjören! Vi är tillbaka 10 januari

0
Nu gör vi uppehåll, men är tillbaka igen den 10 januari.

Min kollega är lat – vad ska jag göra?

1
Vad gör man med kollegor som inte engagerar sig, som levererar i sista minuten och gör bara exakt det som förväntas? Så här svarar psykologen.
Unga ingenjörer

Nästan fem gånger fler ingenjörer examineras i dag än i slutet av 70-talet

11
För 40 år sedan examinerades 1 500 ingenjörer per år. Nu är antalet 7 300.   

Fler utländska doktorander stannar i Sverige

0
Mer än varannan utländsk doktorand stannar i Sverige efter examen. Linköpings universitet, Chalmers och KTH är lärosätena som har flest utländska doktorander som stannar.

Karolina Unger: Civilingenjören som blev klimatinfluencer

4
För två år sedan lämnade Karolina Unger ett välbetalt jobb för att på heltid kunna ägna sig åt det hon brinner för. Hon startade KLIMPO – ett forum för att Sverige ska klara målet att bli klimatneutralt 2045.  

VI REKOMMENDERAR

Man som slappnar av framför julgran

Så gör du för att stressa ner i jul

1
Låt inte julen bli ytterligare en stressfaktor. Här ger experterna sina bästa tips för att stressa ner i jul - och för att slippa stressa när du börjar jobba igen.

TOPPLISTA