Prisad för proteinförutsägelser

0
873

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!

Redaktionen förbehåller sig rätten att granska och redigera kommentarer. Publicering sker efter att inlägget granskats. Skriv gärna kort, håll god ton och håll dig till ämnet. Vi publicerar inte kommentarer med personangrepp. Kommentarsfältet stängs 21 dagar efter artikelns publiceringsdag.

Please enter your name here

SENASTE NYTT

Emils algoritm grundade 18-åringarnas techbolag

För den som behöver köpa en dator eller telefon kan det vara svårt att veta vilken modell som passar de behov man har. Det gav några gymnasiekillar i Jönköping en affärsidé.
Usb-minne

Se upp med vad du sparar – kan vara stöld av företagshemligheter

Sparar du programkod, någon ritning eller en kundlista? Om arbetsgivaren anklagar dig för att ha stulit företagshemligheter kan det bli dyrt. 

Karriären inte slut efter utbrändheten

Sofia Wahling drabbades av utmattning på sitt första jobb. Det fick henne att tänka om. Idag är hon på ett jobb där hon trivs och mår bra. Här delar hon med sig av sina bästa råd.
Johan Westerman, Stockholms universitet

Ny studie: Den som byter jobb ofta lär sig mer

Det är inte bara lönen som ofta höjs när vi byter jobb. Vi lär oss också mer, visar en ny studie. Och det är som tydligast för personer mellan 40 och 55 år. 

Akademikernas ordförande på Volvo: ”Jag vill inte vara med om det här igen”

– Det är inte en hållbar lösning att lägga ett större varsel var tionde år för att företaget behöver ny kompetens, säger Anna Margitin, Akademikerföreningens ordförande på Volvo Cars.
Övervakning

Övervakning på jobbet ökar – också i Sverige

Allt fler arbetsgivare kollar vad anställda skriver i mejl, om de tittar på Youtube eller byter fönster under Teams-mötet. Nu behöver anställda och fack få koll på vad som sker, menar it-experten Mattias Beijmo.

Risk för fler tvister om Las förändras

Helene Robson, chefsjurist på Sveriges Ingenjörer, varnar för fler tvister på arbetsmarknaden om det blir förändringar i Lagen om anställningsskydd.

”Har jag rätt till avdrag för hemmakontoret?”

Se till att din arbetsgivare tillhandahåller den utrustning du behöver. Det är den bästa lösningen enligt Skatteverkets expert.
Annica Norlenius

140 på GKN Aerospace tar erbjudande om avgångsvederlag 

I juni meddelade GKN Aerospace i Trollhättan att var sjätte tjänst, 350 av 2 100, måste bort. För att inte bara yngre ska få sluta har facket och företaget kommit överens om att ha frivilligavtal.

”De största tekniska genombrotten är också våra största utmaningar”

Ingenjörer som yrkesgrupp har haft en avgörande roll i den svenska samhällsutvecklingen. Nu kommer en ny bok som sätter ingenjören i sitt historiska sammanhang.