Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Unga drömmer om att bli ingenjör

0
Ingenjörsyrket lockar unga, framför allt unga män. Det visar en undersökning som gjorts på uppdrag av ungdomsjobbsappen Yepstr. 
Beatrice Silow, Sigma IT

Var tredje skulle tacka nej till jobb utan distansmöjlighet

0
Särskilt mellan 30 och 59 år ställer många krav på en ny arbetsgivare att få jobba på distans, visar en undersökning som Sifo genomfört för Sigma IT.

Se upp så att arbetet inte tar över fritiden

0
Sätt gränser, reflektera och hitta tid för återhämtning. Det är tre bra råd för att hantera stressen i arbetslivet – inte minst när du arbetar hemifrån.

Han har skrivit en spänningsroman om matematik  

0
När ingenjören Martin Ljungqvist läst en bok av Dan Brown och en om matematik fick han idén att skriva en spänningsroman om teknik, matematik och kryptering.

Så tacklar du tristessen

0
Uttråkad på jobbet? Bryt monotonin, skapa aktiviteter att se fram emot och ta dig tid att ringa din kollega för att surra bort en stund. 
Lennart Hedström, TRR

Ingenjörer fick nytt jobb snabbare 2020 än 2019

3
Trots pandemin minskade tiden för uppsagda ingenjörer att få ny sysselsättning 2020, visar trygghetsrådet TRR:s statistik. En förklaring kan vara att vi ändrar attityd när det är kris.   
Lantmäteriet

De får 5 000 kronor till hemmakontoret

3
På Lantmäteriet har alla anställda fått 5000 kronor extra på decemberlönen som de kan använda för att förbättra hemmakontoret.

Alltid redo! Två ingenjörer har valts till Scouternas ordförande

1
När Scouterna nyligen valde ny styrelse blev det två ingenjörer som delar på ordförandeskapet. Läs intervjun med Ida Texell och Viktor Lundqvist.
Äldre och yngre kollega

Ingenjörers arbetslöshet minskar något – men skillnad mellan åldersgrupperna

6
Arbetslösheten för ingenjörer har varit i det närmaste oförändrad på 1,6–1,7 procent hela hösten. Men utvecklingen skiljer sig mellan åldersgrupperna.
Daniel Ek, Spotify

Så mycket tjänar it-topparna – och några andra

0
Ur årets listor över dem som tjänar mest har vi tagit fram dem som har koppling till ingenjörer. Tonvikten ligger på it, men här finns också några andra.

VI REKOMMENDERAR

Hoppjerka eller trotjänare?

Hoppjerka eller trotjänare? Så gör du om nya jobbet inte känns bra

1
Inte nöjd med nya jobbet? Du är inte ensam, men hur ser framtida arbetsgivare på om du endast stannar en kortare tid på din nya arbetsplats?

TOPPLISTA