Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

På tur i liten bil

Ingenjören tar semester – vi ses igen den 16 augusti!

0
Följ oss gärna på Facebook och LinkedIn där vi lägger ut lästips hela sommaren. Här på Ingenjören.se är vi tillbaka den 16 augusti. Trevlig sommar! 

Ingenjörerna har jobbat mer under pandemin

0
Nästan 30 procent av ingenjörerna har fått en större arbetsbelastning under pandemin. Det är dessutom en liten ökning jämfört med förra våren.

Omformulerade platsannonser – betydligt fler kvinnor sökte 

0
Genom några enkla omformuleringar i platsannonser ökade IT-bolaget Tieto Evry andelen kvinnor som sökte med 32 procent.
Maria Samuelsson, ABB

ABB lyfter HBTQ-frågor – ”Ska kunna vara den man är”

0
Det ska gå att vara öppen HBTQ-person på ABB utan att bemötas illa. I juni hade företaget Pride-månad. Men Akademikerföreningen tycker att företaget är sent på bollen.

Civilingenjör debuterar som sommarvärd

1
"Jag kommer att prata om teknik i framkant och hur den interagerar med oss som människor. Men också vad som krävs av oss som människor att leva i en snabbt föränderlig värld", berättar Claudia Olsson som sommarpratar den 9 augusti.
Bilder från de mest lästa artiklarna 2021

Livslön, konsultpriser och gnälliga kollegor – det här är mest läst i år

0
Här är de 20 artiklar flest läst på Ingenjören.se första halvåret 2021.

Därför kan det löna sig att bli jobbonär

0
Allt fler väljer att jobba samtidigt som de börjar ta ut sin pension. Pensionsmyndighetens beräkningar visar att det dessutom kan löna sig ekonomiskt. 

Unga chefer är mer uppskattade än de själva tror

0
Unga chefer, framför allt kvinnor, har ofta ett annat ledarskap än äldre och manliga chefer. Därför är de mer uppskattade av medarbetare i alla åldrar.
Distans- och kontorsarbete

Olika beslut på teknikföretagen om distans eller kontor

5
Hur kommer Getinge, Ericsson, KTH, Facebook med flera att jobba framöver? Det får du svar på här.

Sveriges bästa lärare är en ingenjör

0
Anders Nyberg vid Leksands gymnasium har utsetts till Sveriges bästa lärare. "Det är ett jätteroligt yrke som jag trivs väldigt bra med".

VI REKOMMENDERAR

Henrik Dahlin

Ta tag i din gamnacke och ömmande muskler

0
Sveriges Ingenjörers träningsexpert ger tips för att ta hand om och stärka kroppen.

TOPPLISTA