Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Ingenjör på Forbes talanglista vill att vi delar garderob

0
Mikaela Larsell Ayesa, civilingenjör från KTH, har startat företaget Hack Your Closet. som säljer månadsprenumerationer på second handkläder.
Försvarsmakten

Så många distansjobbar på de 20 mest ingenjörstäta myndigheterna

0
Andelen distansjobb skiljer sig mycket mellan de myndigheter där många ingenjörer jobbar. Från Energimyndigheten, där 99 procent jobbar på distans, till Försvarsmakten och Polismyndigheten, där andelen är klart mindre.

”Kommunen behöver en part att bolla med”

0
Ökad delaktighet och möjlighet att påverka är två viktiga anledningar till att ingenjörerna i Gnesta ville dra igång ett facklig arbete.
Erika Svanström, ingenjör på Folkhälsomyndigheten

Ingenjör på Folkhälsomyndigheten: ”Intensivt men konstruktiv stämning”

0
Att jobba på Folkhälsomyndigheten har varit extra intensivt det gångna året – också för ingenjörerna.

Kreativa ingenjörer löser kriser i covidvården

0
För medicintekniska ingenjörer har det senaste året varit allt annat än normalt. Brist på utrustning och förbrukningsmaterial har krävt snabba beslut, hårt arbete och problemlösning.

Neddragningarna på Chalmers – så många fick gå

2
I juni varslade Chalmers 180 anställda om uppsägning. Nu är de fackliga förhandlingarna avslutade och uppsägningarna blev färre än befarat.
Karta över relativa löneläget per län

Så skiljer sig ingenjörernas löner mellan länen

6
Lönerna för ingenjörer skiljer sig ganska mycket över landet. Utifrån ett medelvärde på 100 ligger Stockholms län på 106,9 medan Västernorrland bara har 91,4.

Hemarbetet sätter arbetsmiljöarbetet på nya prov

1
Förutsättningarna för en god arbetsmiljö i hemmet varierar från person till person. Det behövs därför mer kunskap om hur man hanterar det på ett systematiskt sätt, konstaterar Myndigheten för arbetsmiljökunskap.

Bisarra krav på utländska forskare

25
Går Migrationskommitténs förslag igenom kommer tusentals utländska forskare och ingenjörer att tvingas lämna landet. Det skriver Ulrika Lindstrand och Mats Ericson i en debattartikel.
Stefan Westergård med Freedesk

Ingenjören med 12 språk skapade ett mobilt ståbord

1
Under pandemin har många staplat skokartonger eller haft datorn på strykbrädan för att kunna stå och jobba. Men civilingenjören Stefan Westergård hade redan en egen lösning.   

VI REKOMMENDERAR

Man som ligger i gräs

Så här fungerar förskottssemester

0
Enligt semesterlagens regler har alla rätt till 25 dagars semester per år. Men man har inte rätt till betald semester direkt när man börjar...

TOPPLISTA