Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
Hem Teknik & Miljö Entreprenörskap Prisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Mest lästa artiklar på Ingenjören.se

Löneskillnader, nytt studiestöd och 4-dagarsvecka – det här är mest läst i år

0
Hur stor skillnad är det mellan ingenjörslönerna? Hur fungerar studiestödet för yrkesverksamma? Ska erfarna bli provanställda? Och hur funkar fyradagarsveckan i Belgien? Här är årets mest lästa artiklar på Ingenjören.se.
Johan Kreicbergs i Almedalen

Almedalen: ”Ingenjörerna är verkligen i centrum för diskussionerna”

0
Kompetensutveckling och livslångt lärande. Det är den viktigaste frågan för Sveriges Ingenjörer på Almedalsveckan. "Vi är lite oroliga för att det går för långsamt" säger Johan Kreicbergs.

Bara fyra svenska energibolag (av 284) är helt jämställda

0
Nätverket Kraftkvinnorna har undersökt hur jämställda svenska energibolag är. Fyra bolag finns på topplistan. 57 procent av bolagen fick noll poäng i undersökningens jämställdhetsindex.

Skatteavdrag gör a-kassan billigare

0
Den 1 juli infördes ett skatteavdrag för a-kassan och från och med årsskiftet höjs den övre åldersgränsen för att vara medlem och få ersättning från a-kassan.

Kan du komma med shorts till jobbet?

0
Varma sommardagar kan det vara skönt med shorts, linne och sandaler. Men vilka kläder är okej på jobbet? Ingenjören frågade sju ingenjörer i olika sektorer och branscher.
Camilla Frankelius

Inbetalningar till tjänstepension förlängs till 66 år – ”Hade velat få mer”

0
Ett års extra inbetalningar till tjänstepensionen blir det för alla som har ITP1. Dessutom förlängs sjukpensionen till att gälla till 66 år. Men Sveriges Ingenjörer hade velat se större förbättringar.

”Nu måste vi prata mer om den digitala arbetsmiljön”

1
– Vi måste ställa krav på vår digitala arbetsmiljö och inte acceptera krångliga system, säger Jan Gulliksen, professor och vicerektor på KTH. Han är årets mottagare av Levipriset från Sveriges Ingenjörer.

GUIDE: Intresserad av att bli trainee – det här ska du tänka på

0
Att bli trainee är ett bra sätt att börja karriären. Men kontrollera vilka anställningsvillkor som gäller och att det finns en tydlig plan för hela traineeperioden.
Gunnar Zackrisson, Eva Snis, Karl Stavaeus, Hanna Hartikainen, Pia Krantz, Jenny Strand och Sofia Johannesson

Ingenjörer som är chefer: ”Här är 42 råd om du vill bli chef”

0
En överväldigande majoritet av Sveriges ingenjörers medlemmar under 40 år kan tänka sig att bli chefer. Men hur gör man? Sju ingenjörer som är eller har varit chefer tipsar.

Ska jag tacka ja till ett jobb fast jag hoppas på ett annat?

0
Vad gör jag om jag får ett jobberbjudande men hoppas på ett annat där beskedet dröjer? Ingenjören bad May Molin, rekryteringskonsult på Qrios Engineering, om råd.

INGENJÖRSKARRIÄR

VI REKOMMENDERAR

”Hur gör jag om jag blir sjuk på semestern?”

2
Varför ska du sjukanmäla dig om du blir sjuk på semestern? Och kan din chef kräva att du har koll på jobbmejlen när du är ledig? Så här säger förbundsjuristen.

TOPPLISTA